Der heutige Verein wurde am 10. März 1903 als Tor- und Fußballclub Germania 03 Zehlendorf gegründet. Im Frühjahr 1909 nahm auch der FC Hertha 06 Zehlendorf den Spielbetrieb auf. 1911 wurden beide Vereine zum VfB Zehlendorf 03 fusioniert.

1912/1913 schlossen sich 38 Mitglieder des VfB dem BFC Hertha 1892 als Abteilung Zehlendorf an, welche sich aber schon 1914 wieder vom BFC löste und sich als F.C. Hertha 06 Zehlendorf wiedergründete. Dieser und der VfB Zehlendorf 03 fusionierten im Januar 1919 zum F.C. Hertha 03 Zehlendorf. 1940 fusionierte dieser mit der Union 24 Lichterfelde. 1948 erhielt dieser Verein nach dem zweiten Weltkrieg als erster Berliner Verein von den Besatzern die Wiederzulassungslizenz.

Als Meister der Regionalliga Berlin nahm man 1969 und 1970an der Aufstiegsrunde zur Teilnahme an der Bundesliga teil. Ebenfalls 1970 wurden die A-Junioren des Vereins deutscher Meister ihrer Klasse.

Nach dem Aufstieg der ersten Herrenmannschaft in die Regionalliga Nordost 1994 stieg man 1998 wieder in die Oberliga, 2001 in die Verbandsliga ab. Auch die Teilnahme der ersten Damenmannschaft in der Regionalliga währte nicht lange; nach dem Aufstieg im Jahr 2003 stieg man schon 2005 wieder in die Verbandsliga ab.

Erfolge

1969/70: Deutscher A-Juniorenmeister

1988: Deutscher B-Juniorenmeister

Insgesamt wurden die Jugendmannschaften 126 mal Berliner Meister oder Pokalsieger in ihrer Altersgruppe.

Auszeichnungen

1990: Der Verein wird für die beste Nachwuchsarbeit in der Stadt mit dem Grünen Band der Dresdner Bank ausgezeichnet.

1998: Auszeichnung durch die Olympische Gesellschaft mit dem Fair Play-Preis. Dieser wurde bisher noch keinem weiteren Fußballverein in der Bundesrepublik Deutschland verliehen.

2002: Erneute Auszeichnung durch die Dresdner Bank mit dem Grünen Band

24 Auszeichnungen des Berliner Fußball-Verbandes mit dem Senatspokal für die beste Jugendarbeit

Bekannte Spieler.

Hertha 03 hat einige Bundesliga- und auch Nationalspieler hervorgebracht, unter anderem

Karsten Bäron

Leon Balogun

Inken Becher

Sofian Chahed

Helmut Faeder

Malik Fathi

Oliver Herber

Ariane Hingst

Niko Kovač

Robert Kovač

Pierre Littbarski

Thorben Marx

Wolfgang Sühnholz

Christian Ziege

Sejad Salihović

Lennart Hartmann

Dieter Brefort

Volkmar Groß